CCDC由剑桥大学有机、无机和理论化学系的Olga Kennard OBE FRS博士领导的晶体学小组的活动发展而来。从1965年开始,该小组开始收集所有通过x射线或中子衍射研究的小分子的出版书目、化学和晶体结构数据。随着当时计算机技术的迅速发展,这个集合被编码成电子形式,并被称为剑桥结构数据库(CSD)。

CSD是世界上最早开始运作的数字科学数据库之一,并先后获得了英国科学技术信息办公室和英国科学与工程研究理事会的学术资助。在七十年代和八十年代,这些资金,连同国家附属中心的资助,推动了惩教署及其相关软件的发展。CSD系统在美国、意大利和日本的第一次发行是在1970年代初。到1980年代初,CSD系统已在全世界30多个国家分发。惩教署系统现已分发给全球70个国家的学者。

在1980年代,制药和农用化学品公司对CSD系统的兴趣显著增加。这些额外的收入使CCDC在1987年成为一个独立的公司,具有非营利慈善机构的法律地位,并由一个国际理事会监督其运营。该中心于1992年搬入大学化学系原址的专门建造的建筑物。

Kennard博士于1997年退休,随后由David Hartley博士(1997-2002)、Frank Allen博士(2002-2008)和Colin Groom博士(2008-2017)接任。博士Jürgen Harter自2018年7月10日起被任命为首席执行官。

CCDC软件产品现在已经多样化,在生命科学和晶体学的应用中最大限度地利用晶体学数据。

虽然CCDC现在是一个自我管理的组织,但它与剑桥大学保持着密切的联系,是一个有资格培养更高学位(博士、哲学硕士)研究生的大学合作机构。

CCDC于2013年10月在美国建立了美国应用和支持业务。

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