计算化学家现在可以从CSD Python API中的SMILES创建3D坐标。这种“从1D到3D”或“SMILES输入”功能将改善计算机辅助药物设计项目中的配体制备流程。这种快速方法可用于配体制备,用于GOLD或任何对接程序的虚拟筛选。重要的是,生成的结构是基于CSD现有的实验确定系统的知识。
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用于三维结构生成
CSD Python API允许广泛的输入分子类型,如mol2、mol和cif,以及访问CSD中的分子。这些输入格式通常提供三维原子坐标,这是启动某些工作流程所必需的,如构象生成和配体制备。
2021.1版本扩展了CSD Python API,允许使用SMILES字符串作为分子输入格式,从而产生没有原子坐标的分子,Conformer Generator功能现在将接受没有坐标的分子和原子作为Conformer Generation的起点。
主要特点是:
CSD smile如何实现3D结构?
该工具使用了CSD Conformer Generator,这是我们的CSD- discovery套件中建立和可信的一部分。这使用了来自100多万个实验衍生结构的知识,来预测和生成适当的构象——因此键长和角度是基于已知数据的。
当给定一个没有三维坐标的分子时,构象生成器添加一个初始三维坐标生成阶段。这种情况发生在当分子没有坐标读取时,例如从一个SMILES字符串,也包括分子似乎只有2D坐标的情况,例如当它在水星上绘制时。三维坐标生成器是一个迭代的、基于原子模板的过程,由立体化学信息和环定位启发式指导,并基于CSD几何分布进行持续优化。
生成什么文件类型的对象?
如何访问SMILES到MOL2功能?
需要什么许可证才能使用?
我能在配体制备过程中控制立体化学吗?
如何从一个SMILES字符串生成一个3D结构
在这个例子中,我们将一个用于柠檬酸的SMILES字符串加载到CSD Python API Molecule对象中。然后,分子可以在进一步的CSD Python API脚本中使用,但是在这个阶段,它的原子没有坐标。
1 >>> from ccdc。分子导入分子
2 > > >柠檬酸= Molecule.from_string (OC (= O) CC (O) (C = O O) CC (= O) O”)
有些工作流程需要分子的三维构象。这些可以使用共形生成器生成。
1 >>> from CCDC import conformer
2 >>> conformer_generator = conformergenerator ()
3 >>> conformers = conformer_generator.generate(citric)
在生成构象时,使用SMILES字符串中的立体化学信息来生成有效构象。含立体化学信息的smile串也可以如下生成:
1 >>> d_glucose = csd.molecule('GLUCSA')
2 > > > d_glucose.to_string(微笑)
3 ' OC (C@H) 1 O [C@H] (O) [C@H] (O) [C@@H] (O) [C@@H] 1 O '
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欲了解更多详情,请查阅CSD Python API文档.
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