CSD-CrossMiner的行动:探索合成MCR文库的分子支架

在这里,我们总结了一篇最近的论文,该论文使用了CSD-CrossMiner来进一步探索基于多组分反应(MCR)的类药物合成文库的替代支架。

总结

作者对三组分Groebke-Blackburn-Bienaymé反应产生的杂环体系作为一种可能的药物支架感兴趣。他们设计合成了一个替代产物库,并解决了其中一个的结构,以确定其结构性质。CSD-CrossMiner被用来识别结合模式(这在他们获得的晶体结构和(文献),在PDB中寻找类似的结构主题,并为进一步的先导优化和脚手架跳跃产生新的思路。

使用CSD-CrossMiner探索替代支架

为什么

“支架跳跃”的能力,即改变一个结构,同时保留使其具有生物活性的关键特征,允许药物化学家设计可能的替代方案。这可能是为了提高药理学或特异性。

如何

作者使用CSD-CrossMiner来定义药效团搜索参考PDB结构与支架具有非常相似的绑定模式。这是通过定义分子功能的关键特征,然后挖掘来完成PDB为符合这些特征的结果。这返回了37个共晶体结构,表明未来有更多潜在的支架。

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