使用GOLD集群计算包进行虚拟筛选

我们的2021.1版本允许在HPC集群中运行与GOLD的高吞吐量对接,使您能够灵活地使用云或集群计算能力执行虚拟屏幕。

以前的更新允许在云资源上运行超大型对接或虚拟筛选。这提供了一种灵活和低成本的选择,以特别的方式使用额外的计算能力。例如,看到我们的白皮书这种方法在1.26亿配体屏幕中使用。然而,我们知道许多站点可能更喜欢使用自己的高性能计算(HPC)集群。

此更新允许您大规模应用精确、高质量的GOLD对接,并在部署方面具有灵活性。

GOLD虚拟筛选GOLD虚拟筛查已应用于各种研究,包括寻找抗COVID-19 Mpro活性物质的这项工作点击这里阅读完整的故事。

GOLD虚拟筛选要求

  • 系统需求
    • 集群将需要奇点Slurm并安装了Python 3(3.6或更高版本)。不需要额外的Python模块。
    • 请注意,大型虚拟屏幕将需要大量的磁盘空间用于输入配体。例如,从ZINC下载1亿个配体作为gzip压缩的SDF文件需要60 GB的磁盘空间(等效的MOL2文件会更大)。在集群上进行GOLD对接所需的批处理(如。50,000批2,000个配体)将增加额外的100gb(我们使用较低的压缩水平以提高速度)。请确保您有足够的磁盘空间来容纳作业大小。对于大型屏幕,我们建议使用'MIN_OUT'选项来减少GOLD的输出量。
  • 所需安装或下载:
    • 下载GOLD集群计算包(参见下面的链接),并将其解压到集群的合适位置。
    • 系统上不需要安装CSD,因为GOLD包含在软件包附带的Singularity映像(SIF文件)中,但是需要适当的许可证。
  • 许可证要求
    • 您需要CSD-Discovery许可证才能使用GOLD集群计算包。

您可以在以下地点访问GOLD集群和云产品//www.missorganicskitchen.com/support-and-resources/downloads/在CSD-Discovery->GOLD下作为“GOLD集群计算”和“GOLD云计算”链接。

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如果你想开始,请联系我们的支持团队,帮助你开始。

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